在论文查重过程中，阈值设定是非常关键的一步。通常情况下，阈值设定越低，查重率越高，意味着会更容易发现相似度较高的内容。但是，阈值设定过低可能会导致一些正常的相似内容也被误判为抄袭。因此，合理设定阈值是至关重要的。一般来说，建议根据具体的论文性质和要求来设定阈值，可以参考学校或期刊的规定，也可以根据研究领域的惯例来设定。

要设定查重率计算中的阈值，首先需要了解不同的查重工具对于相似度的判定标准。通常情况下，阈值设定是一个范围，可以根据具体需求进行调整。在实际操作中，可以先设定一个相对较低的阈值，初步筛选出可能存在问题的部分，然后根据实际情况逐步提高阈值，排除误判的情况。此外，还可以结合其他辅助手段，如人工审查等，来确保查重结果的准确性和可靠性。